Эйтор Вилла-Лобос родился 5 марта 1887 в Рио-де-Жанейро. В возрасте пяти лет он путешествует со своими родителями по северо-восточным штатам Бразилии. С этого путешествия у него остались первые музыкальные впечатления, любовь к народной бразильской музыке. Отец, Рауль Вилла-Лобос, ведет с ним уроки музыки, а в 6 лет учит его виолончели.

В 1900 он пишет свою первую пьесу для гитары "Panqueca" и посвящает ее матери. В 1903 году он переезжает к своей тетке, где знакомится с группами бродячих музыкантов. В 18 лет Вилла-Лобос ездит с этнографическими экспедициями в центральную Бразилию, особенно интересуется народными костюмами, песнями и танцами.

В 1912 году он знакомится со своей будущей женой, пианисткой Lucília Guimarães. Год спустя, он оседает в Рио. Эйтор Вилла-Лобос сочиняет оперы, религиозную, симфоническую и камерную музыку. С 1912 по 1923 он слагает "Suite populaire Brésilienne" для гитары, состоящую из пяти частей: Mazurka Choro, Scottish Choro, Valsa Choro, Gavotta Choro и Chorino. 12 ноября он женится на Lucília Guimarães. 29 января 1915 года в Théátre Eugênia (в Nova Friburgo, пригороде Рио) он впервые дает концерт, составленный из его собственных произведений. В 1917 он знакомится с Артуром Рубинштейном и Дариусом Мило, с которыми его свяжет крепкая дружба. Он сочиняет балеты "Amazone" и "Uirapuru". В 1918 году он пишет "A Prole do Bebê no 1" для фортепиано. В 1920 году Вилла-Лобос завершает "Choros no 1" для гитары в знак признательности своим друзьям-бродячим музыкантам.

В 1922 году по приглашению Graça Aranha он участвует в "Неделе современного искусства" в Сан-Паоло (вместе с Mário de Andrade, Menotti del Picchia, Ronald de Carvalho и Guillerme de Almeida). Впервые в Европу он едет в 1923 году на деньги Бразильского Конгреса.

В 1925 году он возвращается в Бразилию и выступает с концертами в Рио-де-Жанейро, Сан-Паоло, Буэнос Айресе и Монтевидео. По приглашению "Sociedade Wagneriana" он посещает Аргентину и Уругвай.

В 1927 году он во второй раз едет в Европу. За три года, проведенные в Париже, он пишет "Двенадцать этюдов" для гитары. К нему приходит мировая известность.

В 1930 году он вновь возвращается в Бразилию, в Сан-Паоло. Во времена президенства Гетулио Варгаса, Эйтор Вилла-Лобос работает над музыкально-образовательными проектами бразильского правительства. В 1931 году он дает турне по 54 городам вокруг Сан-Паоло вместе с Antonieta Rudge Müller, Nair Duarte Nunes, Souza Lima и Lucilia Villa-Lobos. В этом турне рождается идея "Trenzinho do Caipira". Между 1930 и 1945 годами он пишет "Bachianas Brasileiras". В 1932 году он знакомится с Arminda Neige.

С 1932 по 1945 год он возглавляет дирекцию SEMA (Секретариат по вопросам музыкального и худозественного образования) в Рио-де-Жанейро, а также утверждает обязательное преподавание пения в школах. Для школьных хоров он составляет практическое пособие ("Guide Pratique"). Он проводит грандиозные концерты под открытым небом, собирая хоры до 44.000 детей. Он целиком создал программу музыкального образования Бразилии, основанную на богатой музыкальной культуре страны, тесно и явно связанную с патриотическими настроениями в Бразилии.

В 1935 году он сопровождает президента Гетулио Варгас в его официальном визите в Аргентину, проведенном в рамках третьего Пан-Американского Конгресса. В Théâtre Colón (Буэнос Айрес) впервые ставится его балет "Uirapurú".

В 1936 году он путешествует по Европе, участвует в Музыкальном Образовательном Конгрессе в Праге, Вене, Берлине. Из Берлина он пишет своей жене о разрыве их отношений. По возвращении он связывает свою жизнь со своей бывшей ученицей и коллегой Arminda Neves d'Almeida. В 1940 году он основывает группу "Sôdade do Cordão", возрождающую карнавальную атмосферу его детства. В этом же году он пишет "Пять прелюдий" для гитары.

В 1943 году он назначается директором Национальной Вокальной Школы, недавно созданной федеральным правительством. В 1945 году он основывает Бразильскую Музыкальную Академию и избирается ее первым президентом.

1945-1959: путешествия по Европе и обеим Америкам. Он заезжает в Израиль. Выступает с концертами, записывает часть своих произведений. Получает многочисленные заказы, как от частных лиц, так и от правительств, от Ватикана и организаций, таких как Fondation Koussevitzky. В 1945 году он пишет музыку к голливудскому фильму. 40-е годы для него - период международного триумфа. Как композитор, и как дирижер своих произведений, он широко известен в Лос Анжелесе, Нью Йорке и Париже.

Он умирает в возрасте 72 лет, 17 ноября 1959 в Рио. Похоронен там же на кладбище Sain João Batista. Эйтор Вилла-Лобос обладал неимоверным запасом энергии, был очень душевным человеком. Он совершенно не был похож на других композиторов, курил сигары, пил крепкие напитки и постоянно слушал радио.